En yaygın olarak kabul edilen risk faktörleri gebelik sırasında veya doğum sırasında ortaya çıkmaktadır. Çeşitli gebelik ve doğum komplikasyonları otizm riskinin artmasıyla ilişkilendirilmektedir. Bunlar arasında erken doğum, düşük doğum ağırlığı ve hamilelik sırasında annede diyabet veya yüksek tansiyon yer almaktadır. Bilim insanları bu ilişkilerin altında yatan mekanizmalardan emin değildir.
Annenin bağışıklık sistemi otizm riskinde rol oynuyor gibi görünmektedir. Enfeksiyonlar, kötü bir grip vakası gibi ciddi hastalıklar ve hamilelik sırasında hastaneye yatışların tümü, çocukta otizm riskinin artmasıyla bağlantılıdır. Vücudun kendi dokularına saldırdığı otoimmün hastalıkları olan kadınların da otistik bir çocuğa sahip olma riski yüksektir. Ve hayvan çalışmaları, bazı bağışıklık moleküllerinin gen ifadesini ve beyin gelişimini otizmle ilgili olabilecek şekillerde değiştirebileceğini göstermektedir.
Bipolar bozukluk ve epilepsi tedavisinde kullanılan valproat ilacına anne karnında maruz kalmanın otizm riskinin yanı sıra çeşitli doğum kusurlarını da artırdığı bilinmektedir.