Bilim insanları hala hamilelik sırasında annenin antidepresan kullanımının etkilerini depresyonun kendisinden ayırmaya çalışıyor. Bu konunun çözülmesinin zor olmasının bir nedeni, ebeveynlerden birinde beyin rahatsızlığı varsa, çocuğunun otizm riskini artıran ortak genetik faktörler taşıyabilmesidir.
Gebelik sırasında veya yaşamın erken dönemlerinde hava kirliliğine maruz kalmanın çocuğun otizm riskini artırdığına dair kanıtlar son birkaç yılda daha da sağlamlaşmıştır. Yine de, hava kirliliğinin birçok bileşeninden hangisinin söz konusu olabileceği gibi birçok soru varlığını sürdürmektedir.